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聚簇索引和非聚簇索引最主要的区别是数据和索引是否分开存储。
- 聚簇索引：将数据和索引放到一起存储，索引结构的叶子节点保留了数据行。
- 非聚簇索引：将数据进和索引分开存储，索引叶子节点存储的是指向数据行的地址。
在InnoDB存储引擎中，默认的索引为B+树索引，利用主键创建的索引为主索引，也是聚簇索引，在主索引之上创建的索引为辅助索引，也是非聚簇索引。为什么说辅助索引是在主索引之上创建的呢，因为辅助索引中的叶子节点存储的是主键。
在MyISAM存储引擎中，默认的索引也是B+树索引，但主索引和辅助索引都是非聚簇索引，也就是说索引结构的叶子节点存储的都是一个指向数据行的地址。并且使用辅助索引检索无需访问主键的索引。
可以从非常经典的两张图看看它们的区别(图片来源于网络)：
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